Būdamas devyniolikos, atsisveikino su gimtine. Jo garbėtroškiškiems planams labiausiai tiko Paryžiaus universitetas. Pirmą kartą jis mėgavosi universitetinio miesto laisve, pasinėrė į lengvabūdišką studento gyvenimą. Be to, studijavo „laisvuosius menus“.

1529-ųjų rudenį į jo kambarį įžengė kitas kilmingas baskas, 15 metų už jį vyresnis studentas Ignacas Lojola. Tarnaudamas karininku, jis buvo sunkiai sužeistas ir paskui išgyveno gilų vidinį atsivertimą. Nuo to meto jis troško dalytis savo dvasiniu patyrimu ir „padėti sieloms“. Savo jaunajam studijų draugui mestelėjo: „Kokia gi žmogui nauda, jeigu jis laimėtų visą pasaulį, o pakenktų savo gyvybei?!“ (Mt 16, 26). Pranciškus, kuris tuomet jau buvo baigęs pagrindines studijas ir, studijuodamas teologiją, pats dėstė filosofiją, po trejų dvejonių metų pasidavė: atsisakė Pamplonos katedros kanauninko vietos ir 1533 m. pavasarį prisidėjo prie Ignaco suburtos jaunų vyrų grupės, iš kurios po septynerių metų atsirado jėzuitų ordinas.

1535 m. rugpjūčio 15 d. Pranciškus kartu su visa grupe pasižadėjo gyventi neturtingai, skaisčiai ir kaip piligrimas vykti į Šventąją Žemę. 1536–1537 m. žiemą bičiuliai pėsčiomis nukeliavo į Veneciją. Kadangi tais metais į Palestiną neplaukė joks laivas, jie vėl pėsčiomis grįžo į Romą, vėliau – į Veneciją. Čia 1537 m. birželio 24 d. gavo kunigystės šventimus. Paskui bičiuliai išsiskirstė po įvairias šiaurės Italijos vietas sielovados darbui. Pranciškui teko eiti į Boloniją.

1538 m., vėl susirinkę Romoje, po ilgų pasitarimų nusprendė įkurti ordiną, pavadintą „Jėzaus Draugija“, pavesdami jį popiežiui, kad šis galėtų juos siųsti ten, kur reikalingiausia. Popiežius priėmė pasiūlymą ir dar prieš patvirtindamas ordiną jo narius išskirstė po įvairius Italijos miestus. Ignacas ir Pranciškus pasiliko Romoje, laiškais susirašinėjo su kitais bičiuliais ir toliau rūpinosi ordino steigimu. Pranciškus tapo Jėzaus Draugijos sekretoriumi.

Tuo metu Portugalijos karalius Jonas III paprašė popiežiaus keletą naujosios bendruomenės kunigų pasiųsti misionieriais į jo Indijos kolonijas. Kadangi vienas iš numatytų draugų susirgo, Ignacas vietoj jo paskutinę akimirką paskyrė Pranciškų. Šis susikrovė daiktus ir jau kitą dieną, šį kartą ant arklio, su Portugalijos ambasadoriaus palyda iškeliavo į Lisaboną, kurią pasiekė po trijų su puse mėnesio, 1540 m. birželio pabaigoje.

Apsilankęs pas karalių, Pranciškus atsidavė įprastai vargšų ir ligonių tarnystei bei sielovadai dvare, mieste ir inkvizicijos kalėjime. Gyveno jis kukliame name ir kasdien kaip išmaldą susirinkdavo sau maisto.

Veikė taip sėkmingai, kad karalius panoro jį pasilaikyti Lisabonoje. Tačiau popiežius siuntė į Indiją. Prieš pat išplaukiant, Pranciškus buvo paskirtas popiežiaus nuncijumi visai Azijai. 1541 m. balandžio 7 d., per savo 35-ąjį gimtadienį, jis įlipo į Santiago – Indijos flotilės admirolo laivą – ir po audringos 13 mėnesių kelionės, per kurią nemažai keleivių susirgo ir net mirė, pasiekė Goa, portugalų Indijos sostinę.

Prisistatęs vyskupui, apsigyveno prieglaudoje ir ėmėsi savo darbo: slaugė ligonius, apaštalavo tarp portugalų, mokė tikėjimo Indijos gyventojus, ypač vaikus ir vergus.

Po pirmosios sėkmės Goa mieste, Pranciškus nuvyko į pietinę Indijos pakrantę pas perlų žvejus paravus. Juos valdė portugalai, todėl iš Goa atvykę kunigai gyventojus jau buvo evangelizavę, tačiau šie apie krikščionybę nelabai ką suprato. Pranciškus pėsčiomis žygiavo iš kaimo į kaimą, aiškino žvejams Dievo įsakymus, tikėjimo išpažinimą ir svarbiausias maldas, kurias pirmiausiai turėjo išversti į tamilų kalbą. Kai tik žmonės viską išmokdavo atmintinai ir galėdavo sukalbėti tikėjimo išpažinimą, pakrikštydavo. Tada palikdavo juos savo padėjėjui – kuriam nors iš vietos gyventojų – ir keliaudavo toliau. Taip jis darbavosi ir kitose Azijos srityse. Už jo triūsą lydėjusią sėkmę dėkoti derėjo ne tiek vargingiems aiškinimams, kiek Dievo ir žmonių meilei, trykštančiai iš visų jo žodžių ir darbų. Ši meilė paliesdavo visų žmonių širdis, kur tik jis nuvykdavo.

Po metų Pranciškus vėl sugrįžo į Goa ir 1543 m. vyskupo akivaizdoje davė paskutiniuosius iškilmingus vienuolinius įžadus.

1544 m. Pranciškus tęsė misijas Pietų Indijoje, šį kartą – Malabaro krante (dabartinė Kerala). Nuvyko į Ceiloną, kur jam visiškai nepasisekė, vėl aplankė anuos engiamus perlų žvejus ir 1545 m. balandį keturiems mėnesiams apsistojo rytinėje Indijos pakrantėje, São Thomé, prie apaštalo Tomo kapo ieškodamas šviesos tolesnei savo misijų veiklai.

Vidinis balsas kvietė toliau į Rytus. 1545 m. rudenį Pranciškus nuplaukė į Malaką, kadaise Malaizijos karalystės miestą, o tuo metu – portugalų tvirtovę ir uostą kryžkelę tarp Rytų ir Vakarų Azijos. Kaip ir Goa, jis rūpinosi morališkai netvirta portugalų bendruomene ir veikė tarp vietinių malakiečių. Ten, Malakoje, kurioje jis lankėsi iš viso penkis kartus, susipažino su pabėgėliu iš Japonijos, samurajumi Anjiro. Šis papasakojo apie savo savitą šalį ir manė, kad Pranciškus ten galėtų tikėtis sėkmės.

Kartu su kitais dviem jėzuitais ir Anjiro, kuris buvo vertėjas, 1549 m. balandį Pranciškus sėdo į laivą ir rugpjūčio 15 dieną atplaukė į Kagosimą, Anjiro gimtinę.

Pranciškus greitai suprato, kad šis kraštas labai skiriasi nuo iki tol jo aplankytų. Jis detaliai aprašo aukštą Japonijos kultūrą ir tikisi gausių atsivertimo vaisių.

Padedant Anjiro, Pranciškus į japonų kalbą išvertė krikščioniško mokslo santrauką ir ją dėstė nustebusiems klausytojams: paprastiems žmonėms gatvėje, Satsumos kunigaikščiui ir jo dvarui, net budistų vienuoliams jų vienuolynuose. Rudenį iškeliavo pas imperatorių, norėdamas gauti leidimą skelbti Evangeliją visame krašte.

Kai po gerų dvejų metų Pranciškus paliko Japoniją, krikščionių bendruomenės jau buvo penkiuose miestuose ir vienijo apie 1000 tikinčiųjų.

Japonai Pranciškaus klausė, kodėl krikščionybė nežinoma Kinijoje, juk visos kultūros ir religijos kyla iš didžiosios kinų tautos. Tai paskatino Pranciškų ten surengti misijų kelionę. Mat jei Kinija priimtų krikščionybę, būtų lengviau atversti visą Aziją. Tačiau į Kiniją europiečiai patekti negalėjo. Ten kalėjimuose sėdintys portugalų pirkliai prašė siųsti diplomatinius atstovus, kurie padėtų jiems atgauti laisvę.

Pranciškus svajojo apie oficialią Portugalijos karaliaus delegaciją pas Kinijos imperatorių, kurią lydėdamas, jis būtų galėjęs skelbti Evangeliją. Kaip galima greičiau, per Malaką jis grįžo į Goa. Iš šv. Ignaco laiško sužinojo, kad šis įkūrė visos Azijos jėzuitų provinciją su centru Goa ir jį paskyrė pirmuoju provincijolu.

Naujasis gubernatorius sutiko pasiųsti delegaciją ir gerą Pranciškaus draugą, pirklių seniūną Diego Pereirą, paskyrė karališkuoju pasiuntiniu. Šis vieną savo laivų – San­ta Cruz – savo lėšomis parengė diplomatinei kelionei.

Su šiuo laivu gegužės 31 d. Pranciškus norėjo išplaukti iš Malakos, tačiau uosto komendantas Alvaro de Athaide, didžiojo keliautojo Vasco da Gamos sūnus, būda­mas garbėtroška ir pavydėdamas pirkliui diplomatinės misijos pas Kinijos imperatorių, sutrukdė laivui išplaukti.

Liepos 17 d. San­ta Cruz išplaukė kaip paprastas pirklių laivas, be diplomatinės delegacijos ir be dovanų Kinijos imperatoriui. Kelionės tikslas buvo Sancianas, maža salelė Kantono įlankoje, tarnavusi portugalų ir kinų pirklių susitikimams. Pranciškaus planas sužlugo. Tačiau jis vyko su viltimi iš salos slapta patekti į žemyną.

Rugpjūčio pabaigoje San­ta Cruz pasiekė Sansijaną, kur ir kiti laivai buvo išmetę inkarus. Su savo tarnu kinu Antonio Pranciškus persikėlė į mažą šiaudinę pašiūrę, iš kurios buvo matyti Kinijos krantai. Vienas kinų pirklys už gerą užmokestį pažadėjo jį lapkričio 19 d., prisidengiant nakties tamsa, perkelti į žemyną. Tačiau Pranciškus laukė veltui. Kinas neatvyko.

Atėjo žiema. Dauguma portugalų laivų jau buvo išplaukę. Pranciškus savo pašiūrėje šalo ir alko, o lapkričio 21 d. susirgo. Iškankintas jo kūnas daugiau nebepajėgė priešintis. Su juo buvo tik Antonio. 1552 m. gruodžio 3-iosios naktį didysis Azijos misijų pradininkas Pranciškus Ksaveras mirė vienišas savo šiaudinėje pašiūrėje priešais Kinijos, šalies, apie kurią svajojo, krantus. Jis buvo 46 metų, iš kurių 11 darbavosi Azijoje.

Jo palaikai buvo pervežti į Goa, kur iki dabar brangiame karste saugomi Gerojo Jėzaus bažnyčioje. Pranciškus Ksaveras buvo kanonizuotas 1622 m. kovo 12 d. kartu su Ignacu Lojola. Nei gyvenimas, nei mirtis neįstengė jų išskirti.