Die weltweiten Folgen von Flucht und Migration stellen derzeit für Deutschland eine große Herausforderung dar. Wie auf der ganzen Welt stehen Jesuiten auch hier an Brennpunkten menschlicher Not, politisch-wirtschaftlicher Ungerechtigkeit und gesellschaftlicher Konflikte. Die Menschen begleiten, ihnen dienen und sie vertreten – darin drückt sich das Selbstverständnis der Flüchtlingsarbeit aus.
Der JRS engagiert sich in Deutschland für die Betroffenen in der Seelsorge für Abschiebungshäftlinge, in der Unterstützung von Kirchenasylen und durch Rechts- und Härtefallberatung sowie durch das Eintreten für die Rechte von Geflüchteten und Migranten in Öffentlichkeit und Politik. Durch Partizipationsberatung und das Accompany Projekt unterstützt der JRS Migrantinnen und Migranten durch Begleitung auf ihrem Weg zu einem aktiven Leben in Gemeinschaft.