Iš pradžių Ignacas su draugais ketino pasišvęsti tik tiesioginiam krikščioniškosios žinios skelbimui. Tačiau jie greitai įsitikino, koks svarbus vaidmuo tenka švietimui. Valstybė nesiėmė atsakomybės, todėl Ignacas ėmėsi taisyti šią spragą, steigdamas svarbiuose miestuose mokyklas bei universitetus. 1548 m. Mesinoje, Sicilijoje, įkurta jėzuitų mokykla buvo tos veiklos pradžia. Dėl kvalifikuotų mokytojų ir nemokamo mokymo jėzuitai visur buvo itin paklausūs. Svarbus jėzuitų pedagogikos elementas buvo jėzuitų teatras – moralinio mokymo ir vaidybos teikiamo malonumo derinys. Tai buvo puiki priemonė akivaizdžiu būdu lavinti plačiąją liaudį žmogaus gyvenimo ir religijos klausimais.
Tai, kad europiečiai atrado naujas žemes bei kultūras, padarė didelį poveikį dar pirmiesiems jėzuitams. Nuo tol pagrindiniu ordino siekiu tapo krikščionybės džiugiosios naujienos skelbimas svetimoms tautoms. Jau 1540 m. kaip misionierius į Indiją leidosi Pranciškus Ksaveras. Jo kelias vedė per Molukų salas į Japoniją. 1546 m. jis mirė nedidelėje saloje netoli Kinijos. Pranciškus Ksaveras padėjo pagrindą naujam misijos metodui. Japonijoje jis mokė, kad svetimą kultūrą būtina studijuoti, kad privalu vertinti jos savitumą. Būtent tokią misiją paliudijo tėvai Roberto di Nobili (†1656) Indijoje ir Matteo Ricci (†1610) bei Adamas Schallis von Bellis (†1666) Kinijoje. Tačiau iš pradžių žadėjusi sėkmę, misija Kinijoje sužlugo kilus „ginčui dėl apeigų“. Kinijoje paplitusį protėvių kultą jėzuitų misionieriai pripažino kaip pagarbos mirusiesiems išraišką. Tačiau elgetaujančių ordinų misionieriai protėvių garbinimą vertino kaip religinio kulto aktą, todėl savo pastangomis Romoje pasiekė, kad jėzuitų misijos būtų nutrauktos. Jėzuitų misionierių pranešimai iš tolimų kraštų, kuriuose jie veikė, Europoje sukėlė tikrą susižavėjimą misija.
Jėzuitai labai daug nusipelnė mokslo srityje. Išvykę į nepažįstamus kraštus, jėzuitų misionieriai dažnai tapdavo reikšmingais atradėjais, geografais ar kalbininkais. Antai tėvas Jacques Marquette 1673 m. su šešiais bendražygiais pirmasis atliko 1700 mylių žygį Misisipės upe. Dar didesni jėzuitų nuopelnai atveriant Pietryčių Aziją ir Tibetą, ypač Kiniją. Portugalų jėzuitas Antonio de Andrade buvo pirmasis europietis, perėjęs Himalajų kalnus. Tėvas Barnabas Cabo XVII a. atgabeno į Europą iš Pietų Amerikos chininmedžio žievę, kuri dar vadinama jėzuitų medžio žieve. Ji 250 metų naudota kaip vaistas nuo maliarijos. Matematikas Christophas Clavius 1582 m. reikšmingai prisidėjo prie popiežiaus Grigaliaus XIII įvykdytos didžiosios kalendoriaus reformos, taip pat jis atrado keletą Mėnulio kraterių. Universalusis mokslininkas Athanasius Kircheris sukūrė laterna magica, kuri tapo dabartinių projekcinių aparatų prototipu. Jis sukonstravo vieną pirmųjų skaičiavimo mašinų, o temperatūrai matuoti pirmą kartą panaudojo gyvsidabrį.
Kalbų mokslo srityje jėzuitai parašė pirmąsias kinų kalbos gramatikas, pirmieji pradėjo studijuoti sanskritą, o Brazilijoje sudarė posakių, kurie buvo suprantami visoms indėnų gentims, žodyną. Misijose astronomija buvo vertinga parama, plėtojant apaštalavimo darbą. Kinijoje jėzuitams, kaip rūmų astronomams, buvo patikėta kinų kalendoriaus reforma. Jie įrodė, kad moka tiksliau už vietinius astronomus apskaičiuoti Saulės ir Mėnulio užtemimus, todėl akivaizdžiai geriau išmano „dangaus reikalus“. Tai, kad ordinas intensyviai darbavosi astronomijos srityje, liudija trisdešimt dviejų jėzuitų vardai, iki šiol tebesantys Mėnulio geografiniame žemėlapyje.
Kitas jėzuitų misijos istorijos žiedas yra redukcijos Lotynų Amerikoje. Nuo 1610 m. klajoklių indėnų gentis kai kuriose dabartinių Paragvajaus, Brazilijos ir Argentinos valstybių dalyse pradėta įkurdinti sėsliai. Nuo tol jų pragyvenimo šaltiniu tapo žemdirbystė. Žemė, jos gėrybės, taip pat nekilnojamasis turtas buvo bendra nuosavybė. Redukcijas lydėjo sparti sėkmė, sėkmingai klostėsi ir ūkinė veikla. Tai buvo bandymas, atverčiant indėnus, kartu įgyvendinti krikščioniškąją socialinę sistemą, taip apsaugant juos nuo ispanų išnaudojimo. Vienu tarpu trisdešimtyje redukcijų gyveno šimtas tūkstančių žmonių. Vadinamoji „Paragvajaus jėzuitų valstybė“ gyvavo 150 metų – nuo 1610 iki 1767 metų, kuomet jėzuitai buvo išvaryti iš Lotynų Amerikos, nes Ispanijos karaliaus valdžia redukcijas vertino kaip „valstybę valstybėje“ ir kovojo su jomis.
Pirmaisiais XVIII a. dešimtmečiais Jėzaus draugija patyrė nuolat didėjantį priešiškumą. Absoliutizmo laikotarpiu išplito kunigaikščio, kurio žinioje visos valstybės sritys, neribotos valdžios idealas. Popiežiaus įtaką siekta apriboti vietine Bažnyčia. Tiesiogiai popiežiui pavaldūs, politiškai nelengvai suvaržomi, jėzuitai buvo suvokiami kaip kliūtis ir grėsmė. Pasaulietiniai valdovai pradėjo kovą su jėzuitiškąja mokyklų sistema. Jansenistai kaltino jėzuitus laksizmu, o švietėjai teigė, kad jėzuitai nepakankamai naudojasi protu. Prievartinis ordino panaikinimas, kurio siekė Europos monarchai, buvo įvykdytas keliais etapais: 1759 m. jėzuitai išvaryti iš Portugalijos, 1764 m. – iš Prancūzijos, 1767 m. – iš Ispanijos ir Neapolio karalystės, 1768 m. – iš Parmos hercogystės. 1773 m. pasidavęs Burbonų dinastijos spaudimui, popiežius Klemensas XIV panaikino jėzuitų ordiną.
Nors panaikinimo dekrete popiežius išvardijo ankstesnius ordino nuopelnus skleidžiant ir gilinant tikėjimą, tačiau pabrėžė, kad taikos labui, taip pat kad būtų išvengta ginčų bei nesantaikos tarp pačių Bažnyčių, privalo panaikinti jėzuitų ordiną. Buvo konfiskuoti visi dokumentai, laiškai bei išlaidų pažymos, ordino generolas su bendradarbiais suimti. Vieni jėzuitai buvo išvaryti, kiti susibūrė į diecezinių kunigų bendruomenes ir tęsė tokią pačią, kaip ir ankstesnė, veiklą. Tik Rusijoje imperatorės Jekaterinos įsakymu popiežiaus dekretas dėl ordino panaikinimo nebuvo paskelbtas. Jos nurodymu jėzuitai pradėjo globoti katalikų mažumą. Taip ordinas Rusijoje tęsė veiklą mažose kuopelėse.
Po Prancūzijos revoliucijos, restauracijos laikotarpiu, pasigirdo vis garsesnių raginimų atkurti Jėzuitų ordiną. Anglijoje jo veikla buvo atnaujinta 1803 m., Neapolio karalystėje – 1804 m., JAV – 1805 m. Oficiali atkūrimo ceremonija įvyko 1814 m. rugpjūčio 7 d. Romoje, Švenčiausiojo Jėzaus Vardo bažnyčioje. Iškilmėje dalyvavo 150 jėzuitų, tapusių ordino nariais iki jo panaikinimo, jauniausiam iš jų buvo daugiau nei šešiasdešimt. Tačiau daug jėzuitų, anksčiau priklausiusių ordinui, į atkurtąjį nebesugrįžo.
Misijomis tautose bei naujų kolegijų steigimu jėzuitams pavyko greitai atgaivinti bažnytinį gyvenimą. Tačiau tarptautiniais užmojais pasižyminčiam ordinui kai kur sunkumų sukeldavo besikuriančios nacionalinės valstybės. Liberaliosios ir socialistinės jėgos į jį žiūrėjo įtariai. Generalinio vyresniojo t. Philipo Roothaano, SJ, (†1853) vadovavimo metais ordiną pavyko konsoliduoti. Roothaanas įvedė naują studijų tvarką, o pratyboms suteikė naują pavidalą. Jam vadovaujant smarkiai išaugo ordino narių skaičius, suklestėjo misijos visame pasaulyje. Mokslo srityje jėzuitai atsidėjo scholastinės filosofijos bei tomizmo atgaivinimui. Tai rodo, kad jie XIX a. atstovavo restauracijai. Jėzuitai buvo ištikimi popiežiaus Pijaus IX šalininkai. 1871 m. I Vatikano Susirinkime jie palaikė popiežiaus neklaidingumo dogmą.
Pirma XX a. pusė buvo didžiausio Jėzaus Draugijos augimo laikotarpis, ypač sparčiai ji augo JAV ir Ispanijoje. 1964 m. Draugija turėjo 36 000 narių. Vėl ėmė reikštis kūrybinės ordino galios, vis dėlto jo veikloje išryškėjo tam tikra prioritetų slinktis. Žinoma, jėzuitai, kaip ir seniau, tebebuvo pirmiausia švietėjiška veikla užsiimantis ordinas. Tačiau jie ne tik plėtojo scholastinę bei patristinę tradiciją, bet ir atsigręžė į šiuolaikinį mokslą. Paminėtini žymiausi ordino atstovai – tai paleontologas ir teologas Pierre´as Theilhard´as de Chardinas (†1955), filosofas Erichas Przywara (†1972), taip pat teologai Henri De Lubacas (†1991), Karlas Rahneris (†1984), Jeanas Daniélou (†1974) ir Hansas Ursas von Balthasaras (†1988). Jėzuitai reikšmingai prisidėjo, rengiant II Vatikano Susirinkimą (1963–1965), formuojant jo eigą ir įgyvendinant nutarimus.
1965 m. išrinktas Generalinis vyresnysis t. Pedro Arrupe, SJ, savo charizma sėkmingai vadovavo ordinui virsmo metais po II Vatikano Susirinkimo. Pagrindinę veiklą ordinas perkėlė iš Europos į didžiuosius žemynus – Lotynų Ameriką ir Aziją, taigi socialinio teisingumo klausimas įgijo naują reikšmę. 1974–1975 m. 32-oji Generalinė kongregacija apibūdino Jėzaus Draugijos misiją šių dienų pasaulyje kaip pastangas siekti tikėjimo ir teisingumo, o tai neišvengiamai nulėmė įtemptus santykius tiek su totalitariniais Lotynų Amerikos režimais, tiek su Romos kurija. Kaip atsakas į Vietnamo „valčių žmonių“ (Boat People) vargus 1980 m. buvo įkurta Jėzuitų tarnyba pabėgėliams (JRS). Per laiką ji išaugo į svarbią Draugijos socialinę apaštalinę misiją,vykdomą daugiau kaip penkiasdešimtyje šalių.
„Pasaulis – mūsų namai“ – tai garsioji Jeronimo Nadalio (1507–1580), vieno pirmųjų šv. Ignaco bendražygių ir artimiausių bičiulių, ištarmė. Jis rėmėsi visuotine Jėzaus Draugijos misija už bažnyčių ir vienuolynų sienų, apimančia visų žemynų ir kultūrų žmones. Šiandien apie 15 000 jėzuitų iš 112 šalių dirba daugiau kaip šešiasdešimtyje provincijų ar regionų. Draugija yra pašaukta peržengti visas geografines bei kultūrines sienas ir eiti ten, kur vargas didžiausias. „Visas pasaulis yra mūsų intereso bei rūpesčio objektas“, pareiškė 2008 m. XXXV Generalinė kongregacija.
2013 m. išrinkus popiežiumi argentinietį Jorge Mario Bergoglio, pirmą kartą juo tapo jėzuitas. Popiežius Pranciškus giliai jaučia esąs jėzuitas, jis tvirtai įleidęs šaknis jėzuitiškoje tradicijoje bei ignaciškajame dvasingume.
Nuo 2016 m. Draugijai vadovauja Generalinis vyresnysis venesuelietis t. Arturo Sosa, SJ, – pirmą kartą Draugijos istorijoje ne europietis ir Lotynų Amerikos atstovas.
Keturios visuotinės apaštalinės pirmenybės, kurias 2019 m. vasarį patvirtino popiežius Pranciškus, pagrindžia Draugijos įsipareigojimus ateinančiam dešimtmečiui iki 2029 m.:
Padėti žmonėms rasti kelią pas Dievą per dvasinę įžvalgą ir Dvasines pratybas.
Keliauti drauge su vargstančiais, pasaulio atstumtaisiais ir pažemintaisiais, vykdant susitaikinimo ir teisingumo misiją.
Keliauti su jaunimu: lydėti jaunus žmones, skatinant juos kurti vilties kupiną ateitį.
Saugoti kūriniją ir išvien darbuotis rūpinantis bendraisiais visų namais.